南方航空公司货运部（China Southern Cargo Airlines LTD.）简称南航货运，是中国南方航空专职处理货运业务的部门，于1991年在广州成立。
1991年2月1日，中国南方航空成立，并开始与中国航空货运公司利用安-12货机联合经营货物运输业务，重点对广州白云机场货物积压的航线实行货运加班或包机飞行。同年10月，运输公司升格并改为南方航空公司营运部，货运科升格为货运处。
1996年1月4日，南航将货运处等部门联合重组为运输部。5月4日，南航湿租俄罗斯贝加尔航空的两架安－12货机正式投入营运，两架货机首航天津，并陆续开通广州至成都、沈阳、哈尔滨等航线。2000年3月，南航货运用湿租亚特拉斯航空的波音747-400型飞机开通深圳-安克雷奇-芝加哥－深圳的货运航线，正式开始使用全货机经营。其自购的首架波音747-400F型货机于2002年6月开始交付使用。